Zadnja decenija pred raspad SFRJ je donela i promenu na vaterpolo mapi, kako domaćeg, tako i evro – vaterpola. Partizan više nije bio dominantan tim u Jugoslaviji, ali je ostao u vrhu, a u Evropi su crno beli vaterpolisti tri puta osvajali treće mesto u Kupu šampiona i jednom stigli do finala istog takmičenja.
Partizan je u ovom periodu osvojio “samo” 3 titule prvaka države i 4 kupa. Uspešniji, doduše ne mnogo i ne u obimu kao Partizan 60-ih i 70-ih godina su bili Mladost i Jug.
Vlaho Orlić je ponovo preuzeo mesto trenera – savetnika a posao prvog trenera su počeli da obavljaju nekadašnji igrači Partizana: Mirko Sandić, Siniša Belamarić, Duško Antunović, Nikola Stamenić i Ratko Rudić. Ovaj poslednji je sa Partizanom osvojio Mediteranski kup 1989, i to je bio prvi trofej u tom takmičenju koji je smešten u vitrine kluba.
Do početka 80-ih godina za Partizan su još nastupali Rudić, Belamarić, Stamenić, P. Manojlović. Na Banjici u međuvremenu stasavaju nove “Partizanove ajkule”: Milorad Krivokapić i Aleksandar Šoštar, koji su bili među najboljim golmanima sveta (a može se reći da su to i do dana današnjeg), Igor Milanović – verovatno najbolji vaterpolista sveta svih vremena, Igor Gočanin, Goran Rađenović, Zoran Petrović, Dragan Andrić…
U drugoj polovini osamdesetih za Partizan počinju da igraju i braća Dejan i Darko Udovičić kao i odlični centar Dušan Popović.
Nastavilo se sa starom i uspešnom praksom dovođenja igrača iz hrvatskih klubova, ovoga puta su to bili Anto Vasović i Vitomir Padovan, nešto kasnije i Marinko Roje a iz Jadrana iz HN stiže Vaso Subotić (otac sadašnjeg igrača našeg kluba, Gavrila).
1987. Gornji red(s leva na desno): Darko Udovičić, Mirko Bradajić, Marinko Roje, Aleksandar Šoštar, Željko Krivokapić-Baka, Milorad Krivokapić, Igor Milanović, Dragan Andrić. Donji red (s leva na desno) Nikola Ribić, Anto Vasović, Dušan Popović, Milan Radan, Pino Dragojević, Dejan Udovičić.
Svi ovi igrači nisu uspeli u potpunosti da se dokažu sa Partizanom igrajući na evro sceni, pre svega u Kupu šampiona, ali su ipak osvojili tokom 80-ih godina 7 domaćih trofeja, pobeđivali tada nepobedivi Jug i pravili odlične rezultate sa nacionalnom selekcijom.
Početak devedesetih su što se tiče vaterpola, obeležili Mladost i Partizan. Zagrepčani su u godini pred raspad države osvojili prvenstvo ali i dva puta za redom Kup šampiona 1990. i 1991. čime su se izjednačili sa našim klubom po broju titula prvaka Evrope a predvodio ih je bivši as Partizana Milanović, kao i Šimenc, Bukvić…
A naš Partizan je u sezoni 1989-1990 osvojio svoj 11 kup Jugoslavije.
U narednoj 1990-1991 Partizan je odbranio trofej u kupu ali i osvojio dva trofeja koja do tada nije imao u svojim vitrinama.
Krajem 1990. je osvojen Kup Pobednika Kupova, u finalu je u dvomeču pobeđena Holandska ekipa Alfen.
Gornji red (s leva na desno): Dušan Popović, Goran Rađenović, Željko Krivokapić-Baka, Igor Milanović, Dragan Andrić, Anto Vasović, Aleksandar Šoštar, Mirko Bradajić, Marinko Roje, Milan Radan. Donji red (s leva na desno): Milan Tadić, Vitomir Padovan, Nikola Ribić, Darko Udovičić, Igor Gočanin, Pino Dragojević, Dejan Udovičić
Par meseci kasnije, tačnije u martu 1991 Partizan osvaja i svoj prvi od dva Superkupa Evrope. Za taj trofej crno beli su se borili sa aktuelnim prvakom Evrope, zagrebačkom Mladošću. U oba meča je Partizan slavio sa po golom razlike, revanš je igran u Zagrebu, što ovom trofeju daje još više na značaju.
Posle toga dolazi do raspada velike države. Klub napuštaju Šoštar, Padovan, Petrović, Gočanin, Roje, Popović, Zimonjić, Subotić… neki već te 1991. a neki malo kasnije. Ranije pored pomenutog Milanovića, je otišao i Vasović a karijeru završio Krivokapić.
U našem vaterpolu počinju da duvaju neki novi vetrovi. Zahvaljujući problemima u kojima se našao Partizan a za koje je zaslužna i uprava kluba, do tada više amaterski klub CZV, osvaja dve titule prvaka države 1992. i 1993. a godinu kasnije i Budva predvođena Šoštarom i Milanovićem.
Ipak da ovaj period ne protekne sušno za Partizan, vaterpolisti su se pobrinuli osvajanjem tri uzastopna kupa, 1992, 1993. i 1994.Tako da su crno beli ostvarili niz od 5 uzastopnih trijumfa u ovom takmičenju i došli do 15-og kupa.
Na duplu krunu se čekalo sve do 1994-1995, što je u stvari bilo 7 godina bez domaće titule.
Trofej LEN, poslednji evro trofej koji Partizan nije imao, osvojen je u sezoni 1997-1998, pobedom u finalu nad splitskim Jadranom. U Beogradu je bilo 8-8 a u revanšu 3-1 za Partizan.
Poslednja decenija 20.veka je bila ponovo trofejna za VKP, bez obzira što je osvojena samo jedna titula državnog prvaka i što je Partizan bio u podređenom položaju u odnosu na zvezdu a kasnije i Bečej. Ipak, 6 osvojenih državnih kupova, Kup Kupova, Superkup Evrope i Len Kup daju za pravo da se kaže da je i ovaj period bio uspešan za klub sa Banjice.
Predvodeći Partizan sa klupe ove trofeje su osvajali Ljubiša Mečkić i igračka legenda kluba, Nenad Manojlović, kao i Dejan Jovović.
A od igrača, pored već pomenute generacije iz 80-ih godina, od kojih su neki igrali za klub i početkom 90-ih, počela je da stasava jedna nova generacija koja će možda svoje pravo lice pokazati tek po odlasku iz Partizana i igrajući za reprezentaciju.
Tu generaciju su predvodili Dejan Savić, Danilo Ikodinović, Petar Trbojević, Risto Maljković, Nikola Kuljača, Žarko Petrović, a od nešto starijih i braća Udovičić.
U sezoni u kojoj je osvojen Len kup, Partizan su pojačali Vladimir Vujasinović, Nikola Ribić i Aleksandar Nikolić (koji je već bio u timu prilikom osvajanja duple krune 1995).
Tokom 90-ih godina generalni sponzor kluba je bio požarevački Bambi. Međutim ispostaviće se da ovim sredstvima koja su stizala u klub nije raspolagano na najbolji način, što je dovelo do ogromnih finansijskih problema i napuštanja Partizana od strane većeg dela ekipe koja je osvojila Len Kup, ali i do tužbi nekih bivših igrača i na kraju, do raspada prvog tima 2003. godine.
